汽车运输企业及铁路运输企业等，众口难调，将出现管理和经营难度较大的现象。
港口的多式联运，无论是水路与公路联运，或是水路与铁路、公路联运，都面临一些共同的问题，例如理念和规划不统一，理念没有得到很好实施；港口、铁路、公路各自发展、自成体系，没有从多式联运高度形成宏观的一体化模式等。
交通运输是国民经济的基础性产业，发展多式联运是交通运输业转型升级的重要途径和任务，统筹规划、提高认识是发展多式联运的重要前提。为了弥补铁路这一短板，加大铁路场站技术改造，提升能力，持续不断加快推进铁路货运改革是发展多式联运的重要环节。
此外，在综合管理层面上进行区别对待，针对不同的发展情况进行补缺很重要，比如对于水路、公路联运模式着重提高发展质量，而对于水路、铁路联运模式着力扩大联运规模，加强合作。建设信息服务平台，加强宏观领导能力，培育市场环境也是发展多式联运的重要保障和基础。